Κορονοϊός: Εθελοντές δημιουργούν τον ταχύτερο υπερυπολογιστή του κόσμου σε αναζήτηση θεραπείας
21/04/2020
Εκτελώντας 1 πεντάκις εκατομμύριο πράξεις το δευτερόλεπτο, αναπαράγει τα τρισδιάστατα σχήματα των πρωτεΐνών που ίσως αποδειχθούν καθοριστικά στη μάχη κατά της πανδημίας.
Εθελοντές στον ελεύθερο χρόνο τους δημιούργησαν τον ταχύτερο υπερυπολογιστή του κόσμου για να συμβάλουν στη μάχη κατά του νέου κορονοϊού. Σύμφωνα με την πρωτοβουλία Folding@Home, που συντονίζει αυτή τη μεγάλη προσπάθεια, η συνδυαστική δύναμη του δικτύου μέχρι τις 25 Μαρτίου είχε σπάσει το φράγμα των 1 πεντάκις εκατομμυρίου πράξεων (1018) το δευτερόλεπτο (ή ένα exaflop) και έκτοτε διαρκώς πολλαπλασιάζει τη δύναμή του.
Δηλαδή, ο νέος υπερυπολογιστής αποδείχθηκε έξι φορές πιο ισχυρός από τον ταχύτερο υπερυπολογιστή που είχαμε μέχρι τώρα στη διάθεσή μας, τον IBM Summit, που χρησιμοποιείται στο αμερικανικό επιστημονικό εργαστήριο Oak Ridge National Laboratory.
Οι εθελοντές που συμμετέχουν στο πρότζεκτ Folding@Home δεν έχουν παρά να τρέξουν ένα απλό λογισμικό στον υπολογιστή του σπιτιού τους, που εκτελεί μικρές λειτουργίες ώστε να καθοριστεί η φυσική δομή των πρωτεϊνών.
Πρωτεΐνες και θεραπεία COVID-19
Όλες οι σύνθετες από αλληλουχίες αμινοξέων, που διπλώνουν με περίπλοκους -αλλά προβλέψιμους- τρόπους σε τρισδιάστατα σχήματα. Εφαρμόζοντας τους κανόνες που γνωρίζουμε, ακόμα και με έναν οικιακό υπολογιστή μπορούμε να αναπαραγάγουμε το σχήμα των πρωτεΐνών. Όταν όμως πολλοί οικιακοί υπολογιστές συνδέονται σε ένα δίκτυο, μπορούμε να πετύχουμε την ισχύ ενός υπερυπολογιστή.
Το Folding@Home έθεσε στόχο να προσομοιώσει τον σχηματισμό των πρωτεϊνών του SARS-CoV-2 (που προκαλεί τον COVID-19) ώστε να συνεισφέρει στην προσπάθεια ανάπτυξης φαρμάκων κατά της πανδημίας.
Όπως ανέφερε ο Guardian, μια από τις προσπάθειες εστιάζουν στις ακίδες πρωτεΐνης που χρησιμοποιεί ο νέος κορονοϊός για να εισβάλει στα ανθρώπινα κύτταρα, σύμφωνα με τον Γρεγκ Μπόουμαν, έναν από τους ερευνητές που συντονίζουν αυτή την επιχείρηση.
«Θα ήταν ιδιαίτερα χρήσιμο το να κατανοήσουμε τον τρόπο με τον οποίο οι ακίδες παραβιάζουν την επιφάνεια των ανθρώπινων κυττάρων» σχολίασε, προσθέτοντας: «Δυστυχώς, με τις υπάρχουσες τεχνικές δεν υπάρχει τρόπος να παρακολουθήσουμε αυτή τη διαδικασία μετάβασης». Όμως, μετά από λίγες εβδομάδες εργασίας στους υπολογιστές, η ομάδα κατάφερε να προσομοιώσει το πρώτο στάδιο με το οποίο διαρρηγνύουν οι ακίδες τα κύτταρά μας. Μια επιτυχία που θα μπορούσε να συνεισφέρει στη θεραπεία.
